谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因 文/Sobereva@北京科音 2022-Jan-13 有不少人问怎么他做基于经典力场的蛋白质-配体复合物的分子动力学模拟的过程中配体跑出去了。鉴于这个问题被问得很频繁，笔者遂写个小文把常见的可能因素说明一下，便于读者排查原因。...
View ArticleClik here to view.
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 文/Sobereva@北京科音 2022-Feb-17 0 前言...
View Article使用了Multiwfn发表的第8001~9000篇文章打包下载
截止到2022年2月27日，使用了Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章已超过9000篇，用户已遍及世界80多个国家。下面是第8001~9000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了几篇文章对应的文件，不好找了。还有个别的没下载权限，用本文本文档代替了）。...
View ArticleClik here to view.
使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和分析电子激发态
使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和分析电子激发态 文/Sobereva@北京科音 2022-Feb-28 0 前言...
View ArticleClik here to view.
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用 文/Sobereva@北京科音 2022-Mar-7 0 前言...
View ArticleORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本 文/Sobereva@北京科音 2022-Mar-8 之前笔者在以下文章中提供了三个Linux shell脚本，分别用来自动调用机子里的Gaussian和Multiwfn程序实现一键计算1.2*CM5、RESP和RESP2原子电荷，它们对于做经典力场的分子动力学非常重要。...
View ArticleClik here to view.
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线 文/Sobereva@北京科音 2022-Mar-10 1 前言 电子密度差（electron density difference,...
View ArticleClik here to view.
Clik here to view.
深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO)n的电子结构和光学特性
深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO)n的电子结构和光学特性 文/Sobereva@北京科音 2022-Apr-28 0 前言...
View ArticleClik here to view.
谈谈怎么计算化学体系中“原子的静电势”
谈谈怎么计算化学体系中“原子的静电势” 文/Sobereva@北京科音 2022-May-29 0 前言 在网上经常有人问我怎么计算原子的静电势。“原子的静电势”是一个非常含糊不明的词。静电势是一个三维函数，空间中不同的点有不同的数值，显然静电势不是对原子来说的，而是对具体坐标来说的。但有人就是想计算something...
View Article2022年上半年观看的非TV版动画简评
2022年上半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva 2022-Jun-30 这里对我从2022年1月1日开始截止到2022年6月30日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分，我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 天空色的多功能杆 类型：不明 长度：14m30s...
View ArticleClik here to view.
适合理论、计算化学投稿的期刊及其2021年影响因子（2022年公布）
适合理论、计算化学投稿的期刊及其2021年影响因子（2022年公布） 文/Sobereva @北京科音 2022-Jul-1 不得转载 1 前言...
View ArticleClik here to view.
使用Multiwfn对静电势和范德华势做拓扑分析精确得到极小点位置和数值
使用Multiwfn对静电势和范德华势做拓扑分析精确得到极小点位置和数值 文/Sobereva@北京科音 2022-Jul-4 0 前言 静电势和笔者在J. Mol. Model., 26, 315...
View ArticleClik here to view.
使用Multiwfn计算特定方向的UV-Vis吸收光谱
使用Multiwfn计算特定方向的UV-Vis吸收光谱 文/Sobereva@北京科音 2022-Jul-8 0 前言...
View Article使用了Multiwfn发表的第9001~10000篇文章打包下载
截止到2022年7月26日，使用了Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章已超过10000篇，用户已遍及世界80多个国家。下面是第9001~10000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了几篇文章对应的文件，不好找了）。...
View Article