一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本
一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本 文/Sobereva@北京科音 2020-Jan-28 本文提供笔者写的两个Linux下的Bash...
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RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 文/Sobereva@北京科音 2020-Feb-1 1 前言...
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使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
懒得在这里再发一遍了，本文直接在计算化学公社论坛看： http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 此文目的是介绍怎么用molclus基于xtb做的分子动力学轨迹作为初始构型，搜索治疗武汉肺炎的神药瑞德西韦的在水溶液下的能量最低构象，最终结果如下。此文的做法是对较大体系构象搜索的极佳、普适做法。
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通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点
通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点 文/Sobereva@北京科音 2020-Feb-24 0 前言 福井函数（Fukui function）与双描述符（dual...
View Article谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题 文/Sobereva@北京科音 2020-Feb-25 化学体系可视化程序VMD的用户越来越多，经常有人在网上问我怎么在VMD里修改键连关系，这里就专门说一下这个问题。本文内容对应于撰文时最新的VMD正式版1.9.3，对其它版本可能适用也可能不适用。...
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无需导数的局部极小化算法NEWUOA在FORTRAN中的使用简例
无需导数的局部极小化算法NEWUOA在FORTRAN中的使用简例 文/Sobereva@北京科音 2020-Mar-1 1 NEWUOA简介 数学上对多维函数做局部极小化的算法非常多，诸如simplex、BFGS、最陡下降法、共轭梯度法等等。NEWUOA（NEW Unconstrained Optimization...
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使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键
使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键 文/Sobereva@北京科音 2020-Mar-2 1 BOD和NAdO简介 键级是十分重要的定量考察化学键特征的手段，这在《Multiwfn支持的分析化学键的方法一览》（http://sobereva.com/471）中已经充分介绍过。广义来说，离域化指数（delocalization index,...
View Article使用Multiwfn计算各种与信息论相关的量（information-theoretic quantities）
将信息论与密度泛函中的一些概念相结合，在讨论化学问题中已有不少应用，特别是近年来北卡罗来纳大学&湖南师大的刘述斌教授在这方面做了大量工作，通过信息论定义的量（information-theoretic...
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L-BFGS-B局部极小化算法在Fortran中的使用简例
L-BFGS-B局部极小化算法在Fortran中的使用简例 文/Sobereva@北京科音 2020-Mar-3 本文简要介绍一下L-BFGS-B局部极小化算法的常识，并通过实例介绍怎么在Fortran中使用这个方法解决实际问题。 1 相关知识 牛顿法是最重要的做多元函数局部极小化的算法之一，BFGS（Broyden–Fletcher–Goldfarb–Shanno...
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使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域 文/Sobereva@北京科音 2020-Mar-5 1 前言 最近有人问我怎么获得类似下面文献中的图 此图像展示出分子动力学模拟体系中的孔洞区域，或者叫自由区域（free region）也可以，这体现出了盒子里哪些区域没有被原子占据。...
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使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题 文/Sobereva@北京科音 2020-Mar-8 简介：本文首先对量子化学程序基于簇模型计算表面反应或吸附问题做简单介绍，然后基于ORCA量子化学程序，简单演示如何计算苯分子在Ag(111)表面上的吸附能。本文目的是令读者认识到量子化学程序研究表面问题的可行性，并了解实际计算中需要值得注意的地方。 1 关于簇模型...
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在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子 文/Sobereva@北京科音 2020-Mar-13...
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基于Fortran使用Levenberg-Marquardt算法做非线性拟合
基于Fortran使用Levenberg-Marquardt算法做非线性拟合 文/Sobereva@北京科音 2020-Mar-13 1 前言 非线性拟合在计算化学研究中用得非常多，比如自己用复杂函数拟合力场参数就需要用到。Fortran是科学计算领域用的最多的语言之一，本文就通过一个例子，讲解如何通过Fortran非常容易地实现非线性拟合。 2 非线性拟合方法...
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正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO 文/Sobereva@北京科音 2020-Mar-26 0 前言...
View ArticleVMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置 文/Sobereva@北京科音 2020-Apr-1 VMD（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/）是用得极为广泛的化学体系可视化程序，由于其极度灵活，有很多技巧可以使其用起来更方便。...
View Article使用了Multiwfn发表的第4001~5000篇文章打包下载
截止到2020年4月1日，引用Multiwfn的文章已达5000篇！下面是第4001~5000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了两篇文章对应的文件，不好找了）。 百度网盘下载地址（速度慢）：链接：https://pan.baidu.com/s/1O_ZXTdqbtrbvFDEDt0NmAQ 提取码：uw9h...
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使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化考察（超）极化率张量
使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化考察（超）极化率张量 文/Sobereva@北京科音 2020-Apr-10 1 前言...
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使用Multiwfn模拟扫描隧道显微镜(STM)图像
使用Multiwfn模拟扫描隧道显微镜(STM)图像 文/Sobereva@北京科音 2020-Apr-28 0 前言 扫描隧道显微镜(scanning tunneling microscopy,...
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